这部影片主要是质疑进化论的本身。长久以来，人们就在争议：外形的改变是否会造成本质上的改变。进化论加入了时间参数，使得魔术能在进化上推波助澜。但是进化论的反对者提出“不可简化的机制”来反对自然选择。不可简化就是不可或缺；机制就是由许多组件组成，每个组件缺一不可。因此，这些组件一次到位的几率太低太低了。
这是微观生物学带来的冲击。随着科技发展，观察到细胞内部的运作，发现生命的运作太复杂了，太多组件，太多步骤。细胞内部是个大工厂，不是具备了生物要素就能够或下去，还需要运作，包含制造、输送、组装、分解、排泄，其中一个环节出问题，都可以导致死亡。最惊奇的是DNA，细胞中的基因，是有固定形态的编码指令，来产生生命所需要的物质。也就是说，生命体有个核心，由核心来指挥，制造出生命体。生命体的建构是由内而外，而不是由外而内。外部的改变，不会造成内部核心的改变。
基因工程不但否定了进化论，还否定了任何自然发生的理论。从活化石就可以得知：基因要自然发生变化是件艰巨的工程。所谓的活化石就是在进化的过程中，被认定已经绝种，已经遭到自然淘汰的物种，但是到了近代又再度出现，被人捕获。
生命的产生和运作不是自然式的发生，而是凭借着指令。细胞说我要蛋白，就让细胞核内的DNA下复制的指令，而不是在细胞质的粒线体自行生产。生命的机制是受命令的形式：被动接受命令，或者主动申请命令。